Dúvida nos Abonos Pré natais

Boa noite. Eu tenho uma duvida. Vou ser mãe de segunda viagem. Estou casada, mas separada do meu marido. Ainda não nos divorciamos mas vivemos separados. Eu em Portugal com o meu filho e ele no estrageiro.
Entretanto fui meter os abonos pré natais e a senhora lá aconcelho me a meter , e meteu como manoparental. Recebi uma carta que pedia um atestado da junta de freguesia em como estava mesmo a viver sozinha com o meu filhote.
Já enviei mas entretanto não acredito que vá ser aceite. Mesmo estando separada não estou em papel ainda. Que devo fazer?