O tecido do cordão umbilical é outra fonte muito importante de células estaminais, as células estaminais mesenquimais. As células mesenquimais têm a capacidade de regular a resposta do sistema imunitário e aumentar a probabilidade de sucesso dos transplantes quando utilizadas em conjunto com células estaminais hematopoiéticas. O co-transplante ainda não é um procedimento de rotina na prática clínica, mas tem sido feito pontualmente com resultados promissores.
O maior potencial das células estaminais do tecido reside no âmbito da medicina regenerativa, ou seja, na criação de tecidos e órgãos. A par disso, estão a ser investigadas para o uso no tratamento da diabetes tipo 1 e em doenças autoimunes.